上海市科學(xué)技術(shù)委員會關(guān)于發(fā)布2025年度關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)計劃“計算生物學(xué)”項目申報指南的通知

滬科指南〔2025〕7號

各有關(guān)單位：

為深入實施創(chuàng)新驅(qū)動發(fā)展戰(zhàn)略，加快建設(shè)具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心，根據(jù)《上海市建設(shè)具有全球影響力的科技創(chuàng)新中心“十四五”規(guī)劃》《上海市計算生物學(xué)創(chuàng)新發(fā)展行動計劃（2023-2025年）》，上海市科學(xué)技術(shù)委員會特發(fā)布2025年度關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)計劃“計算生物學(xué)”項目申報指南。

一、征集范圍

專題一、生物大數(shù)據(jù)共性算法

方向1、基因組大數(shù)據(jù)智能分析算法

研究目標(biāo)：建立基因組大數(shù)據(jù)分析的理論體系，發(fā)展獨立自主的基因組大數(shù)據(jù)挖掘算法及軟件，性能相比國際主流算法提升10%以上。

研究內(nèi)容：面向人類基因組學(xué)大數(shù)據(jù)，建立個體基因組局部祖源推斷的深度學(xué)習(xí)模型，發(fā)展人群和個體遺傳本源推斷的生成式人工智能算法，重構(gòu)遺傳本源的時空網(wǎng)絡(luò)，揭示高度人口流動社會的遺傳結(jié)構(gòu)動態(tài)演化過程。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。

方向2、微生物組學(xué)智能分析算法

研究目標(biāo)：發(fā)展獨立自主的微生物組學(xué)分析算法，相比領(lǐng)域內(nèi)主流算法，表型關(guān)聯(lián)的核心菌群和驅(qū)動因子識別等算法的性能提升10%以上。

研究內(nèi)容：開發(fā)微生物組學(xué)數(shù)據(jù)分析挖掘的人工智能算法，完善微生物基因目錄和蛋白組成，建立健康人群微生物組學(xué)數(shù)據(jù)模擬器，開發(fā)微生物-微生物和宿主-微生物互作模型，動態(tài)預(yù)測微生物變化及其影響，揭示并驗證微生物與宿主表型關(guān)聯(lián)及其因果關(guān)系。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。

方向3、多模態(tài)空間組學(xué)數(shù)據(jù)整合算法

研究目標(biāo)：開發(fā)多模態(tài)、跨樣本空間組學(xué)數(shù)據(jù)整合算法，精準(zhǔn)解析特定生理病理過程中的細(xì)胞時空演化規(guī)律，性能相比國際主流算法提升10%以上。

研究內(nèi)容：發(fā)展空間多模態(tài)組學(xué)數(shù)據(jù)增強、跨模態(tài)對齊與生成、空間網(wǎng)絡(luò)解析的智能算法，實現(xiàn)數(shù)據(jù)的有效降噪、整合，構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及細(xì)胞通訊網(wǎng)絡(luò)，解析腫瘤等疾病的時空演化機制，揭示腫瘤耐藥等過程關(guān)鍵的空間結(jié)構(gòu)及多細(xì)胞互作靶點。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。

方向4、生命系統(tǒng)調(diào)控理論與算法

研究目標(biāo)：發(fā)展細(xì)胞命運和生命節(jié)律等生命過程調(diào)控的動力學(xué)模型和定量理論，揭示復(fù)雜生命系統(tǒng)的調(diào)控策略，性能相比國際主流算法提升10%以上。

研究內(nèi)容：面向生命節(jié)律和細(xì)胞命運等復(fù)雜生命過程，發(fā)展定性和定量的普適理論，建立生命過程調(diào)控的動力學(xué)模型，揭示生命過程的重要調(diào)控因素和機制，發(fā)現(xiàn)生命系統(tǒng)調(diào)控的重要靶點，并在睡眠障礙等疾病診療中進行應(yīng)用。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。

專題二、蛋白質(zhì)設(shè)計改造

方向1、蛋白質(zhì)復(fù)合物動態(tài)結(jié)構(gòu)模擬

研究目標(biāo)：開發(fā)高精度的蛋白質(zhì)動態(tài)構(gòu)象預(yù)測方法，提升蛋白質(zhì)互作識別的動態(tài)變化解析能力，提高蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)復(fù)合物結(jié)構(gòu)預(yù)測的準(zhǔn)確性。

研究內(nèi)容：發(fā)展全原子尺度高精度分子力場，提高隱藏變構(gòu)位點的發(fā)現(xiàn)精度，揭示變構(gòu)位點的通信規(guī)律，構(gòu)建包含500條以上蛋白質(zhì)及復(fù)合物的長時間動力學(xué)軌跡的數(shù)據(jù)庫，系統(tǒng)解析蛋白質(zhì)互作中的大尺度構(gòu)象變化和復(fù)合物變構(gòu)組裝機制；開發(fā)蛋白質(zhì)及復(fù)合物動態(tài)構(gòu)象精準(zhǔn)生成AI算法，實現(xiàn)活性高能構(gòu)象的精準(zhǔn)高效生成，并指導(dǎo)動態(tài)蛋白質(zhì)的精準(zhǔn)設(shè)計。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過150萬元。

專題三、AI藥物發(fā)現(xiàn)

方向1、高藥效藥物設(shè)計方法開發(fā)與應(yīng)用

研究目標(biāo)：針對G蛋白偶聯(lián)受體等靶點的動態(tài)調(diào)控機制，開發(fā)高藥效活性分子設(shè)計方法，發(fā)現(xiàn)2個以上候選藥物，獲得動物水平有效性評價報告。

研究內(nèi)容：聚焦G蛋白偶聯(lián)受體等靶點的動態(tài)調(diào)控機制，利用人工智能技術(shù)建立配體-受體結(jié)合動力學(xué)優(yōu)化的高藥效活性分子設(shè)計方法，實現(xiàn)納摩爾級親和力、小時級靶點時間停留，開發(fā)出更具臨床價值的新藥候選物。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。

申報主體要求:本市企業(yè)，或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報（須掃描上傳正式合作協(xié)議）。

方向2、靶向蛋白藥物設(shè)計方法開發(fā)與應(yīng)用

研究目標(biāo)：發(fā)展靶向蛋白互作的藥物設(shè)計方法，發(fā)現(xiàn)2個以上候選藥物，獲得動物水平有效性評價報告。

研究內(nèi)容：發(fā)展靶向蛋白之間相互作用的藥物設(shè)計體系，構(gòu)建專用的化合物實體庫，開發(fā)人工智能算法實現(xiàn)小分子配體的從頭設(shè)計、成藥性質(zhì)預(yù)測，獲得在動物模型上表現(xiàn)出預(yù)期活性的新型小分子候選化合物。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。

申報主體要求:本市企業(yè)，或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報（須掃描上傳正式合作協(xié)議）。

方向3、高效活體藥物篩選的定量算法開發(fā)和應(yīng)用

研究目標(biāo)：開發(fā)活體成像技術(shù)和活體藥物篩選系統(tǒng)，提升藥物與活體動物動態(tài)行為表型的實時追蹤和關(guān)系解析能力，發(fā)現(xiàn)2個以上候選小分子藥物，獲得動物水平有效性評價報告。

研究內(nèi)容：開發(fā)高時空分辨動物活體成像技術(shù)，建立表型藥物快速篩選體系，構(gòu)建涵蓋不同藥物作用下的多參數(shù)動物表型數(shù)據(jù)庫，發(fā)展基于活體表型的藥效AI預(yù)測模型，發(fā)現(xiàn)具有高成藥性的候選小分子藥物。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。

申報主體要求:本市企業(yè)，或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報（須掃描上傳正式合作協(xié)議）。

方向4、中藥藥物篩選方法開發(fā)與應(yīng)用

研究目標(biāo)：構(gòu)建多模態(tài)中藥知識圖譜，研發(fā)中醫(yī)辨證與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)融合的可解釋推理模型，闡明2種以上中藥組方的多維效應(yīng)機制，獲得動物水平有效性評價報告。

研究內(nèi)容：建立融合中醫(yī)辨證論治和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的多模態(tài)中醫(yī)藥知識圖譜，開發(fā)“癥狀-化學(xué)成分-網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)-通路-病證效應(yīng)”的可解釋推理模型，實現(xiàn)中藥組方的多成分、多靶點、多通路的多維藥效機理的闡釋，并在動物水平開展驗證評價。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過250萬元。

申報主體要求:本市企業(yè)，或本市高校、科研院所聯(lián)合本市企業(yè)共同申報（須掃描上傳正式合作協(xié)議）。

專題四、臨床應(yīng)用技術(shù)

方向1、傳染病大模型構(gòu)建與應(yīng)用

研究目標(biāo)：建立多模態(tài)數(shù)據(jù)驅(qū)動的傳染病大模型，提升重大傳染病的防控能力，實現(xiàn)對新發(fā)突發(fā)和重大傳染病防控的輔助決策，并通過預(yù)警準(zhǔn)確、溯源一致等量化指標(biāo)進行效能評價。

研究內(nèi)容：挖掘傳染病關(guān)聯(lián)的基因組學(xué)、影像學(xué)、臨床數(shù)據(jù)等多模態(tài)數(shù)據(jù)之間的潛在聯(lián)系，抽取醫(yī)學(xué)先驗知識中的邏輯規(guī)則，構(gòu)建高質(zhì)量傳染病數(shù)據(jù)集，開發(fā)具備強泛化性和可解釋性的知識推理傳染病大模型，實現(xiàn)傳染病風(fēng)險識別、流調(diào)甄別、基因溯源和人群風(fēng)險管理等場景的深度應(yīng)用。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。

方向2、眼科大模型構(gòu)建與應(yīng)用

研究目標(biāo)：開發(fā)大模型知識推理算法，構(gòu)建多模態(tài)眼科大模型，實現(xiàn)大模型輔助下的慢病精準(zhǔn)篩查，在5家以上社區(qū)推廣應(yīng)用。

研究內(nèi)容：建立多模態(tài)數(shù)據(jù)編碼、融合與對齊框架，探索慢性腎病、心腦血管等疾病在眼底數(shù)據(jù)中的表征機制，構(gòu)建應(yīng)用于慢病精準(zhǔn)推理大模型，為患者提供個性化、全方位的健康評估方案，推進社區(qū)慢病智能篩查的普及。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。

方向3、兒童白血病精準(zhǔn)診療技術(shù)開發(fā)與應(yīng)用

研究目標(biāo)：通過開發(fā)個體化基因組變異分析方法，精準(zhǔn)鑒別高危白血病患兒并進行精準(zhǔn)干預(yù)，形成兒童白血病分子診療新范式，兒童白血病精準(zhǔn)分型率提升25%以上。

研究內(nèi)容：發(fā)展計算分析方法，提升臨床基因組變異的個體化分析效能，通過對兒童白血病大規(guī)模臨床研究隊列組學(xué)數(shù)據(jù)的計算分析，發(fā)現(xiàn)新的具有明確臨床應(yīng)用價值的診斷與治療新靶點，建立適用于臨床多中心應(yīng)用的標(biāo)準(zhǔn)化、智能化數(shù)據(jù)集成與分析系統(tǒng)，形成化療、免疫治療等相結(jié)合的兒童白血病分子診療新范式。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過1個項目，每項資助額度不超過200萬元。

專題五、前瞻性技術(shù)

方向1、虛擬細(xì)胞技術(shù)開發(fā)

研究目標(biāo)：針對腦、心臟、肝臟等人體重要器官，構(gòu)建虛擬細(xì)胞參照系和人工智能模型，支撐虛擬臨床細(xì)胞治療以及體外模擬藥物篩選。

研究內(nèi)容：基于基因組學(xué)、單細(xì)胞組學(xué)等多尺度數(shù)據(jù)，構(gòu)建人體重要器官的虛擬細(xì)胞參照系和多層次基礎(chǔ)模型，解碼不同類型分子的協(xié)同作用對細(xì)胞命運決定的影響；模擬器官發(fā)育與病理發(fā)生發(fā)展的時空動態(tài)過程，支撐生命過程的數(shù)字再現(xiàn)、虛擬臨床細(xì)胞治療以及體外模擬藥物篩選。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過2個項目，每項資助額度不超過200萬元。

方向2、AI賦能類器官技術(shù)開發(fā)

研究目標(biāo)：面向人類疾病建模、藥物篩選等應(yīng)用場景，建立重大疾病的類器官構(gòu)建技術(shù)，構(gòu)建疾病特異性的類器官體系和體外藥物篩選系統(tǒng)。

研究內(nèi)容：通過整合類器官的多組學(xué)和空間轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)，解析患者個體化類器官細(xì)胞發(fā)育譜系，實現(xiàn)藥物新靶點的自動化發(fā)現(xiàn)；開發(fā)基于類器官的體外篩藥系統(tǒng)，建立個體化治療的藥物篩選策略，提高類器官技術(shù)在藥物篩選、疾病機理研究等領(lǐng)域的應(yīng)用水平。

執(zhí)行期限：2025年6月1日至2028年5月31日。

經(jīng)費額度：非定額資助，擬支持不超過2個項目，每項資助額度不超過200萬元。

二、申報要求

除滿足前述相應(yīng)條件外，還須遵循以下要求：

1.項目申報單位應(yīng)當(dāng)是注冊在本市的法人或非法人組織，具有組織項目實施的相應(yīng)能力。

2.對于申請人在以往市級財政資金或其他機構(gòu)（如科技部、國家自然科學(xué)基金等）資助項目基礎(chǔ)上提出的新項目，應(yīng)明確闡述二者的異同、繼承與發(fā)展關(guān)系。

3.所有申報單位和項目參與人應(yīng)遵守科研誠信管理要求，項目負(fù)責(zé)人應(yīng)承諾所提交材料真實性，申報單位應(yīng)當(dāng)對申請人的申請資格負(fù)責(zé)，并對申請材料的真實性和完整性進行審核，不得提交有涉密內(nèi)容的項目申請。

4.申報項目若提出回避專家申請的，須在提交項目可行性方案的同時，上傳由申報單位出具公函提出回避專家名單與理由。

5.所有申報單位和項目參與人應(yīng)遵守科技倫理準(zhǔn)則。擬開展的科技活動應(yīng)進行科技倫理風(fēng)險評估，涉及科技部《科技倫理審查辦法（試行）》（國科發(fā)監(jiān)〔2023〕167號）第二條所列范圍科技活動的，應(yīng)按要求進行科技倫理審查并提供相應(yīng)的科技倫理審查批準(zhǔn)材料。

6.所有申報單位和項目參與人應(yīng)遵守人類遺傳資源管理相關(guān)法規(guī)和病原微生物實驗室生物安全管理相關(guān)規(guī)定。

7.已作為項目負(fù)責(zé)人承擔(dān)市科委科技計劃在研項目2項及以上者，不得作為項目負(fù)責(zé)人申報。

8.項目經(jīng)費預(yù)算編制應(yīng)當(dāng)真實、合理，符合市科委科技計劃項目經(jīng)費管理的有關(guān)要求。

9.每位項目負(fù)責(zé)人申報項目不超過1項。

10.每個單位每個方向申報項目不超過1項。

11.鼓勵項目產(chǎn)生的代碼提交到GitHub等學(xué)術(shù)社區(qū)共享。

三、申報方式

1.項目申報采用網(wǎng)上申報方式，無需送交紙質(zhì)材料。請申請人通過“上海市科技管理信息系統(tǒng)”（https://svc.stcsm.sh.gov.cn）進入“項目申報”，進行網(wǎng)上填報，由申報單位對填報內(nèi)容進行網(wǎng)上審核后提交。

【初次填寫】使用“一網(wǎng)通辦”登錄（如尚未注冊賬號，請先轉(zhuǎn)入“一網(wǎng)通辦”注冊賬號頁面完成注冊），進入申報指南頁面，點擊相應(yīng)的指南專題，進行項目申報；

【繼續(xù)填寫】使用“一網(wǎng)通辦”登錄后，繼續(xù)該項目的填報。

2.項目網(wǎng)上填報起始時間為2025年4月2日9:00，截止時間（含申報單位網(wǎng)上審核提交）為2025年4月22日16:30。

四、評審方式

采用一輪通訊評審方式。

五、立項公示

上海市科學(xué)技術(shù)委員會將按規(guī)定向社會公示擬立項項目清單，接受公眾異議。

六、咨詢電話

服務(wù)熱線：8008205114（座機）、4008205114（手機）

上海市科學(xué)技術(shù)委員會

2025年3月25日

【原文下載】

上海市科學(xué)技術(shù)委員會關(guān)于發(fā)布2025年度關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)計劃“計算生物學(xué)”項目申報指南的通知.pdf